В обычном приложении переход на сервер используется в меньших случаях, чем в управляемых формах.
Единственным известным мне способом вызова сервера из внешней обработки является использование фоновых заданий.
Например есть общий модуль "ОбщийМодульСервер" у которого стоит только флажок "Сервер" и в нём есть экспортная функция "ПолучитьСамыеПродаваемыеНоменклатуры(КонтрагентПокупатель, КоличествоНоменклатур)"
Во внешней обработке эта функция будет не видна поскольку весь код исполняется на Клиенте. Но для фоновых заданий она доступна, поэтому пишем следующее:
мПараметры = Новый Массив;
мПараметры.Добавить(Контрагент_Ромашка);
мПараметры.Добавить(10);
ФоновыеЗадания.Выполнить("ОбщийМодульСервер.ПолучитьСамыеПродаваемыеНоменклатуры", мПараметры);
Из кода видно, что мы вызываем функцию общего модуля строкой, а параметры передаем в массиве в том порядке в котором они указаны в функции